Внеклеточные везикулы Грама

Новости

ДомДом / Новости / Внеклеточные везикулы Грама

Oct 19, 2023

Внеклеточные везикулы Грама

npj Биопленки и микробиомы

npj Биопленки и микробиомы, том 9, Номер статьи: 30 (2023) Цитировать эту статью

1444 доступа

12 Альтметрика

Подробности о метриках

Сейчас хорошо известно, что кишечная микробиота влияет на иммунную систему хозяина. Одним из способов коммуникации бактерий с клетками-хозяевами является секреция везикул — небольших мембранных структур, содержащих различные грузы. Исследования везикул, секретируемых грамположительными кишечными бактериями, их механизмов взаимодействия с хозяином и их иммуномодулирующих эффектов все еще относительно скудны. Здесь мы охарактеризовали размер, содержание белка и иммуномодулирующие эффекты внеклеточных везикул (ВВ), секретируемых недавно секвенированным грамположительным штаммом симбионта кишечника человека - Bifidobacterium longum AO44. Мы обнаружили, что ЭВ B. longum оказывают противовоспалительное действие, индуцируя секрецию IL-10 как из спленоцитов, так и из совместных культур дендритных клеток (DC)-CD4+ Т-клеток. Кроме того, содержание белка EVs показало обогащение транспортерами ABC, белками, чувствительными к кворуму, и внеклеточными белками, связывающими растворенные вещества, которые, как ранее было показано, играют важную роль в противовоспалительном эффекте других штаммов B. longum. Это исследование подчеркивает важность бактериальных везикул в облегчении кишечного бактериального иммуномодулирующего воздействия на хозяина и проливает свет на бактериальные везикулы как на будущие терапевтические средства.

За последние два десятилетия многие исследования продемонстрировали глубокое влияние микробиоты кишечника на физиологию человека1,2,3 с рядом полезных функций, преимущественно связанных с созреванием и модуляцией иммунной системы3,4,5,6,7, 8,9,10,11,12,13,14. Иммуномодулирующие бактерии уже давно идентифицированы нами и другими15,16,17,18, однако охарактеризовано лишь несколько иммуномодулирующих молекул бактериального происхождения19,20,21. Бактериальные везикулы вызвали интерес как объект, который может взаимодействовать как с бактериальными клетками, так и с клетками-хозяевами22. Везикулы представляют собой мембранные структуры, секретируемые как грамотрицательными, так и грамположительными бактериями. Размер везикул варьирует от 20 до 300 нм, они несут различные грузы, в том числе белки (как мембранные, так и цитоплазматические), пептидогликаны, нуклеиновые кислоты и токсины, а также липополисахарид (ЛПС у грамотрицательных бактерий). Везикулы взаимодействуют с бактериями и клетками-хозяевами, усваивая и высвобождая их груз. Эти взаимодействия делают везикулы идеальными для молекулярной доставки на большие расстояния либо к соседним бактериям, либо к иммунным клеткам хозяина. Таким образом, бактериальные везикулы можно использовать в качестве потенциальных терапевтических средств23. Хотя везикулы, продуцируемые грамотрицательными бактериями, изучаются с 1960-х годов24, продукция внеклеточных везикул (ВВ) грамположительными бактериями была продемонстрирована 30 лет спустя25. Несмотря на то, что интерес к везикулогенезу и иммуномодулирующим эффектам грамположительных ЭВ был открыт в 90-х годах, за последнее десятилетие возрос26,27, однако основное внимание при этом уделяется патогенным бактериям, таким как Staphylococcus aureus28, Mycobacterium Tuberculosis29 и Бацилла сибирской язвы30,31. Несколько исследований показали, что только метаболически активные грамположительные бактерии секретируют ЭВ, в отличие от грамотрицательных бактерий32,33, однако недавние исследования показывают, что ЭВ также секретируются в процессе «пузырьковой гибели клеток»34. На сегодняшний день существует ограниченное понимание факторов, участвующих в генетической регуляции везикулогенеза и состояния мембран бактерий, которое обеспечивает высвобождение ЭВ26,35. Среди представителей грамположительной кишечной микробиоты интерес вызвал род Bifidobacterium, поскольку известно, что он разрушает олигосахариды грудного молока и широко распространен в желудочно-кишечном тракте грудных детей36, а также в кишечнике взрослых37. Кроме того, было обнаружено, что виды рода Bifidobacterium влияют как на врожденную, так и на адаптивную иммунную систему, в основном оказывая противовоспалительное действие16,38, при этом на сегодняшний день охарактеризовано несколько эффекторных молекул39,40. Хотя было показано, что некоторые внеклеточные молекулы, такие как Bifidobacterium bifidum pili40 и экзополисахариды Bifidobacterium breve39, вызывают противовоспалительные эффекты, механизмы, посредством которых эти молекулы взаимодействуют с хозяином, до конца не изучены. Важным представителем рода Bifidobacterium является Bifidobacterium longum. Этот вид широко распространен в кишечнике человека, даже среди видов Bifidobacterium41. Было обнаружено, что B. longum оказывает противовоспалительное действие in vitro на клеточные линии42, in vivo на мышиных моделях43 и, что наиболее важно, в клинических исследованиях воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК)44. Эти противовоспалительные эффекты объясняются главным образом его способностью снижать окислительный стресс, подавлять секрецию воспалительных цитокинов и увеличивать содержание короткоцепочечных жирных кислот (КЦЖК) в кишечнике45. Однако молекулярные механизмы, лежащие в основе его взаимодействия с хозяином, и терапевтические эффекты еще предстоит открыть. Несколько исследований показали, что ЭВ, секретируемые видами Bifidobacterium, обладают противовоспалительным действием и могут использоваться в качестве вспомогательных средств при лечении аллергии46,47. Например, было обнаружено, что везикулы B. bifidum взаимодействуют с дендритными клетками (ДК) с последующей дифференцировкой регуляторных Т-клеток (Т-рег)47. Интересно, что недавнее исследование выявило потенциал везикул B. longum в облегчении пищевой аллергии посредством индукции апоптоза в тучных клетках46. Хотя исследования иммуномодулирующего действия везикул как грамотрицательных, так и грамположительных кишечных симбионтов начинают появляться26, лишь немногие обнаружили молекулы и механизмы, лежащие в основе этих эффектов. Более того, было показано, что ЭВ нескольких штаммов одного и того же вида вызывают различные иммуномодулирующие эффекты с разными механизмами, что подчеркивает большой потенциал везикул, полученных из тысяч бактериальных штаммов, обнаруженных в кишечнике человека48. Здесь мы демонстрируем иммуномодулирующее действие кишечных бактериальных везикул, продуцируемых недавно секвенированным и аннотированным штаммом Bifidobacterium longum AO44. Наши результаты открывают новые возможности для будущих исследований потенциальных терапевтических эффектов бактериальных везикул.

1 charge) selected from the first MS scan. A dynamic exclusion list was enabled with an exclusion duration of 20 s. The mass spectrometry data was analyzed using the MaxQuant software 1.5.2.856 for peak picking and identification using the Andromeda search engine, searching against Bifidobacterium longum proteome from the Uniprot database with a mass tolerance of 6 ppm for the precursor masses and 20 ppm for the fragment ions. Oxidation on methionine and protein N-terminus acetylation were accepted as variable modifications and carbamidomethyl on cysteine was accepted as a static modification. Minimal peptide length was set to six amino acids and a maximum of two miscleavages was allowed. The data was quantified by label-free analysis using the same software. Peptide- and protein-level false discovery rates (FDRs) were filtered to 1% using the target-decoy strategy. Protein tables were filtered to eliminate the identifications from the reverse database, common contaminants, and single peptide identifications57./p>1 charges) selected from the first MS scan. A dynamic exclusion list was enabled with exclusion duration of 30 s. MS data analysis was done similar to the EVs samples./p>